Truyện tranh "Your Fragrance" bắt đầu với cảnh cậu chàng thiếu niên tên Shin đột nhiên ngửi thấy một loại hương thơm quyến rũ mỗi khi đi qua cô gái tên Yuki. Mỗi lần gặp gỡ, mùi hương ấy khiến trái tim cậu rối bời, nhưng Yuki luôn giữ khoảng cách lạnh lùng, khiến Shin không thể nhận ra nguồn gốc của mùi hương ấy.
Trái tim Shin dần trở nên lo lắng và khao khát, anh quyết định tiến gần Yuki hơn để khám phá bí mật đằng sau mùi hương đó. Dần dần, Shin phát hiện ra rằng Yuki đang sống trong một rối ren bí mật, truyền thống gia tộc yêu cầu cô phải đeo một loại nước hoa đặc biệt để che giấu bản thân. Mà chính mùi hương ấy đã khiến Shin bị thu hút.
Với sự chịu đựng và quyết tâm, Shin vượt qua mọi thử thách để đến gần Yuki, hiểu được tâm hồn và sự đau khổ đằng sau lớp mặt nạ lạnh lùng. Cuối cùng, mùi hương của cậu đã làm trái tim Yuki thổn thức, hóa giải mọi rối ren và tạo nên một tình yêu đẹp, chân thành và sâu đậm giữa họ.