Trên trời chiều bắt đầu phủ lên màu vàng rực rỡ, thị trấn Gensokyo dường như được rải bạc lên bởi ánh hoàng hôn ấm áp. Trong khoảnh khắc lặng lẽ ấy, nhân vật chính Reimu Hakurei ngồi tựa lưng vào cây anh đào cổ thụ, nhìn theo bóng hình của mình vẽ dài trên mặt đất. Bàn tay cô run rẩy, đếm từng vạch máu còn dính trên ngón tay do cuộc chiến gần đây vừa qua. Quyết định đã được đưa ra, Reimu không còn lựa chọn nào khác ngoài việc bước đi trên con đường mà cô chưa từng dám nghĩ đến.
Trong lúc những bông hoa anh đào rụng bên hồ, Reimu quyết tâm lập nên một liên minh mới, kết hợp sức mạnh các bạn đồng minh cũ với những nhân vật chưa từng liên quan. Sứ mệnh mới đã được định rõ: chống lại thế lực hắc ám đang âm mưu thống trị Gensokyo. Sự hỗn độn, mưa máu và nước mắt đã khơi dậy trong cô sự quyết tâm và lòng kiên trì chưa từng có.
Tại giữa thị trấn, Reimu bước đi với vẻ quyết đoán, gương mặt trầm tư nhưng cũng rạng rỡ. Cô biết rằng, sau những thử thách đầy khó khăn và nguy hiểm, rồi sẽ lại có những ngày hoàng hôn new rực rỡ, những ngày mặt trời sẽ mỉm cười với Gensokyo một lần nữa.