Truyện tranh Mitsudomoe mở đầu bằng một buổi sáng hết sức đỗi thường của ba chị em Marui. Kana, bản lĩnh và mạnh mẽ; Mitsuba, nghiêm túc và kiêu ngạo; và Hitoha, lạnh lùng và thông thạo vi tính. Trong một ngày mưa rào, khi mọi người trong lớp đều đang tập trung vào bài giảng của cô giáo, ba chị em Marui vô tình phát hiện ra một bí mật kinh hoàng về cô giáo. Từ đó, họ bắt đầu cuộc hành trình phiêu lưu đầy gian truân để khám phá bí mật đen tối đằng sau vẻ ngoài hiền lành của cô giáo.
Để tìm hiểu sự thật, ba chị em Marui đã phải đối mặt với nhiều thách thức và trở ngại khó khăn, từ việc trốn tránh sự theo dõi đến việc giả danh đầu bếp nhí để tiếp cận cô giáo. Tuy nhiên, họ không ngờ rằng bí mật này liên quan đến một âm mưu to lớn đang đe dọa tới trường học của họ. Cuối cùng, khi sự thật được hé lộ, ba chị em Marui phải đoàn kết và sử dụng tất cả khả năng của mình để ngăn chặn hiểm họa đến với ngôi trường yêu quý. Đây chính là lúc họ nhận ra sức mạnh của tình đoàn kết và lòng dũng cảm trong mỗi người.