Trong một thế giới song song, nơi mà Tomoe Mami không chết vào tập 3, cô tiếp tục chiến đấu bên cạnh Kyouko để bảo vệ thành phố khỏi sự tàn phá của Witches. Dù sống sót, Mami vẫn mang trọng án tội khi đã giấu giếm sự thật về thế giới Mahou Shoujo trước Sayaka và Madoka.
Khi một Witch đe dọa phá hủy trung tâm thương mại của thành phố, Mami và Kyouko phải đến ngăn chặn. Trong lúc đụng độ, Kyouko phát hiện ra bí mật mà Mami đã giấu kín. Sự căm phẫn và nghi ngờ bất chợt nảy mầm trong tâm trí Kyouko, khiến cho mối quan hệ giữa họ rạn nứt.
Những khúc mắc được hé lộ, và hiểu lầm dần leo thang. Mami cảm thấy sứt mẻ bởi sự không tin tưởng từ người đồng đội. Trước nguy cơ mất đi người bạn đồng hành, Mami phải đối diện với quyết định khó khăn: tiếp tục giữ bí mật và mất đi Kyouko, hay chấp nhận trách nhiệm và sự thật mà cô đã che giấu?
Câu chuyện không chỉ xoay quanh cuộc chiến vật lý mà còn khám phá tâm lý sâu sắc của nhân vật, đưa họ đến với sự hiểu biết và tha thứ. Mahou Shoujo không chỉ đơn thuần là những cô gái hồ ly mà còn là những con người với cảm xúc, lựa chọn và hồi hướng đầy phức tạp.
