Truyện tranh "Madonna Ga Glass Case No Naka" xoay quanh câu chuyện về Sora, một cô gái trẻ xinh đẹp nhưng lạnh lùng, luôn giữ bản thân trong "lồng kính" với mọi người xung quanh. Sora là một nữ sinh viên xuất sắc, được nhiều người ngưỡng mộ vì nhan sắc và tài năng, nhưng cũng vì điều đó mà cô trở nên cô đơn, không thể tin tưởng vào bất kỳ ai.
Một ngày, cuộc sống của Sora thay đổi khi cô bất ngờ nhận được một hộp thủy tinh từ một người lạ mặt. Trên đó, có một hộp độc đáo chứa một bí mật mà ai đó muốn Sora phải khám phá. Bắt đầu từ lúc đó, Sora bắt đầu dấn thân vào một cuộc phiêu lưu hồi hộp, tìm kiếm câu trả lời cho bí mật ẩn sau lớp kính của chính mình.
Truyện tranh từ đó trở nên hấp dẫn hơn khi Sora phải đối diện với những thử thách đầy khó khăn, phải vượt qua những rào cản tâm lý của bản thân để hiểu rõ hơn về mình và về những người xung quanh. Liệu bí mật ẩn sau lớp kính kia có thể giúp Sora mở rộng tầm nhìn, tìm thấy sự đồng cảm và tình yêu thật sự trong cuộc sống?