Trong một buổi chiều tĩnh lặng tại học viện Infinite Stratos, Ichika Orimura đột nhiên nhận ra mình bỗng nhiên biến mất khỏi phòng học. Điều đáng chú ý là anh không hề nhớ mình đã đến đây như thế nào. Bước ra ngoài, Ichika bất ngờ trước cảnh tượng kỳ lạ: toàn bộ học viện bỗng nhiên biến mất, thay vào đó là một thế giới hoàn toàn xa lạ.
Trong lúc mơ hồ, một cảm giác lạ lẫm lan tỏa trong tâm trí Ichika. Những người bạn thân thiết, những người bạn Pilots, thậm chí cả những kẻ địch ám muội, đều không còn tồn tại. Anh tự hỏi liệu mình đang ở đâu và phải làm gì để trở về. Chợt, một giọng nói quen thuộc vang lên từ phía xa: "Ichika, em ở đây."
Quay người, Ichika giật mình khi nhìn thấy một bản sao hoàn hảo của chính mình đang đứng trước mặt. Bản sao đó nhìn anh với ánh mắt lạnh lùng, "Chúng ta phải nói chuyện." Dẫn đường bằng những lời nói mơ hồ, bản sao Ichika đã tiết lộ một bí mật chấn động: "Chỉ có một trong chúng ta mới có thể tồn tại. Và người đó sẽ là..."
Trận chiến giữa Ichika và bản sao của mình bắt đầu, kéo theo những pha hành động mãnh liệt, những cú đấm quyết liệt và những chiến thuật tinh vi. Họ trải qua một loạt những thử thách khó khăn, những phút giây căng thẳng đến nghẹt thở. Liệu Ichika có thể chiến thắng để trở về hiện thực? Hay sự thật sẽ khiến anh phải chấp nhận một kết cục khác biệt hoàn toàn?
