10 năm sau thảm họa tàn khốc, Tokyo nằm dưới đáy biển như một thiên đường hỗn loạn của những kí ức và linh hồn bị mất. Ganta Igarashi, cậu bé sống sót duy nhất, vẫn cố gắng giữ lửa hy vọng trong lòng dù cuộc sống xung quanh đã chìm đắm vào sự tuyệt vọng.
Một ngày, khi ánh nắng chiều phai dần, Ganta bỗng cảm thấy một sự hiện diện lạ thường đang theo dõi mình. Đột nhiên, một người đàn ông bí ẩn với bộ giáp sắt đen kịch tính đã xuất hiện trước mặt cậu. Ánh mắt của người đàn ông lạnh lùng như một lưỡi kiếm sắc bén, đốt cháy những nỗi sợ hãi chôn sâu trong tâm trí Ganta.
"Chúng ta gặp nhau cuối cùng," người đàn ông nói, giọng nói khắc nghiệt vang vọng trong khoảng không gian tĩnh lặng. "Chúng ta đã được chọn để làm nhiệm vụ quan trọng nhất của cuộc đời mình."
Những lời đó đánh thức sự tò mò trong Ganta, nhưng cũng gieo rắc thêm lo lắng và nghi ngờ. Liệu người đàn ông này có phải là kẻ thù hay người đồng minh trong cuộc hành trình chông gai phía trước, khi Tokyo chìm sâu trong bóng tối của cái chết và hỗn loạn?