Truyện tranh "Võ Thần 108" mở đầu bằng cuộc họp lớn của ba thế lực lớn: Đao Khách, Thợ Săn và Võ Thần. Trong cuộc họp đó, Võ Thần - người đứng đầu thế lực mạnh mẽ nhất - đã đưa ra một tin sốc: Ông sẽ tự giết mình để nhường ngôi cho một người kế vị mới. Cả hai tức giận và bất ngờ, cả thế giới võ học đều chưa từng chứng kiến cảnh tượng này.
Hàng trăm võ sĩ hàng đầu từ khắp nơi trên thế giới đã tụ họp tại đấu trường Võ Thần. Một cuộc đấu khốc liệt giữa các ứng cử viên hàng đầu đã diễn ra, nhưng không ai có thể ngờ đến kết quả: một cậu bé tên là Kaito, từng được xem là tiềm năng nhất, đã đương đầu với Võ Thần và chiến thắng sau một trận đấu căng thẳng đến phút cuối cùng.
Võ Thần tỏ ra hài lòng trước sự lựa chọn của Kaito, người đã thể hiện tài năng và lòng dũng cảm không ngờ. Nhưng khi mặt trời lóe sáng, một bí mật khủng khiếp được tiết lộ: Kaito không chỉ đánh bại Võ Thần, mà cậu còn là người đã gây ra chiến tranh hạt nhân khiến loài người trên bờ vực tuyệt chủng. Sự thật này khiến tất cả mọi người phải hoảng sợ và tự hỏi, liệu Kaito có thể làm mới lại thế giới hay chỉ làm tổn thương nó thêm nữa?