Trên thế giới Gensokyo, một thị trấn nhỏ bị bao quanh bởi màn sương mịt mù, nơi mà những đứa trẻ Touhou sinh ra từ những mối tình của những nhân vật huyền thoại. Trái tim của Alice và Reisen trở nên đầy bi quan khi họ phát hiện ra rằng đứa con của họ, Iris, có khả năng kỳ bí vượt ra ngoài sức tưởng tượng. Mặc dù vậy, sức mạnh của Iris đã dẫn họ đến với một thế giới song song, nơi mà thảm họa đang rình rập.
Trong khi đó, Marisa và Reimu đang đối mặt với một loạt những vấn đề khó khăn khi con gái của họ, Rerisa, bắt đầu phát triển những dấu hiệu kỳ lạ. Không thể kiểm soát được sức mạnh cơ động của Rerisa, Marisa và Reimu phải tìm hiểu về nguồn gốc của nó trước khi mọi thứ trở nên tệ hại hơn.
Trên một khía cạnh khác, Meiling và Sakuya đối diện với sự phản đối gay gắt từ cộng đồng Gensokyo khi con gái của họ, Shourei, dần trở nên quái đản và khó kiểm soát. Sự mâu thuẫn giữa hai gia đình đã đẩy Shourei vào một cuộc hành trình tìm kiếm chân lý và tự do của riêng mình.
Những bí ẩn của Touhou Kids sẽ được hé lộ khi tất cả các nhân vật phải đối mặt với những thử thách đầy nguy hiểm và những quyết định quan trọng trong cuộc phiêu lưu đầy kịch tính này.
