Trên bầu trời xanh ngắt của Gensokyo, một bóng đen lớn bao trùm lấy trăng, khiến cho ánh sáng ban đêm trở nên lạnh lẽo và u ám. Reimu và Marisa nhận ra rằng một thế lực hắc ám đang âm mưu chiếm lấy trời đất. Khi họ bắt đầu cuộc hành trình truy tìm sự thật, họ phát hiện ra một bí mật kinh hoàng: trái tim của mình mỗi người mang một nửa của sức mạnh hủy diệt. Truyền thuyết về "Yin và Yang" không chỉ là huyền thoại mà còn là sự thật đặc biệt của họ. Để cứu lấy Gensokyo, họ phải đương đầu với thử thách lớn nhất từ trước đến nay: phải hợp nhất hai phần "Yin và Yang" để đánh bại thế lực hắc ám trước khi mọi thứ sụp đổ. Liệu họ có thể vượt qua được bất khả kháng này hay không?
