Ngọn lửa chiến tranh giữa phe Khoa Học và phe Ma Thuật dần bùng lên, khi Arisa - cô gái lv 0 bí ẩn - bất ngờ tiết lộ sức mạnh đáng sợ. Touma, Index và Shattoaura tìm ra rằng Arisa không phải người bình thường, mà là một vũ khí chưa được khám phá, chứa đựng sức mạnh hủy diệt. Trước sự hiện diện của cô, cả hai phe đối đầu buộc phải tạm gác bỏ hiềm khích để cùng nhau bảo vệ Thị trấn Học viện khỏi định mệnh đen tối.
Dần dần, bí ẩn về quá khứ của Arisa được hé lộ, khiến cô phải đối mặt với quá khứ đau thương và quyết định định mệnh của mình. Touma, từ một cậu bé bình thường, dần trở thành trụ cột cho Arisa, người đang giữ chìa khóa giữa sự sống và cái chết. Trải qua sóng gió, họ nhận ra rằng chỉ có lòng tin và tình bạn sẽ giúp họ vượt qua mọi khó khăn, thậm chí là khi chống lại sức mạnh vô hình nhưng đầy rẫy đe dọa của Khoa Học và Ma Thuật.
Cuộc chiến giữa chúng sẽ ra sao khi sự thật về Arisa được hé lộ hoàn toàn? Mọi sự kết nghĩa, lòng trung thành và tự do đều đặt trên bàn cân. Câu chuyện hấp dẫn bắt đầu từ đỉnh cao của Endymion, nơi mà số phận hẹp hai thế giới.
