Trên mái trường trung học Higashiyama, có một cậu học sinh cá tính tên là Kaito. Bạn bè thường gọi cậu là "thanh niên toán học" vì tài năng vượt trội trong môn toán. Một hôm, Kaito bất ngờ nhận được một thông điệp lạ trên điện thoại di động mà ai cũng nghĩ chỉ là một trò đùa. Tuy nhiên, khi cậu giải mã tin nhắn, mọi thứ bắt đầu thay đổi.
Kaito bị cuốn vào một trò chơi ảo nguy hiểm, nơi cậu phải vượt qua hàng loạt thách thức toán học để cứu lấy trái đất. Và còn có một bí mật khủng khiếp đằng sau trò chơi này khiến cậu không thể rời mắt khỏi màn hình.
Trên chiến địa ảo, Kaito gặp được một cô gái samurai tinh nghịch, với kỹ năng đấu trí không hề thua kém kỹ năng chiến đấu. Họ phải cùng nhau hợp tác, vượt qua thử thách liên tục và khám phá sự thật đen tối đằng sau trò chơi. Mối quan hệ giữa Kaito và cô samurai ngày càng phức tạp, khiến cho cả hai phải đối mặt với những quyết định đầy khó khăn, và đồng thời, tình cảm giữa họ cũng dần nảy nở.