Trên bề mặt, Tokio Kurobara luôn được biết đến như một học sinh trung học bình thường, điểm số trung bình, không quá xuất sắc ở bất kỳ mảng nào. Nhưng ít ai biết rằng, sau lớp mặt nạ của sự bình thường đó là một Siêu nhân bí ẩn với khả năng kiểm soát thời gian. Mỗi khi cậu sử dụng sức mạnh đặc biệt này, mắt của Tokio sẽ chuyển sang màu đỏ rực, biểu hiện cho sức mạnh tiềm ẩn bên trong.
Ngày đó, Tokio và Higashi Azuma bắt gặp một vụ án mạng đầy bí ẩn ở trường học. Higashi đã bị kẻ gian tóm gọn và chỉ còn Tokio ở lại. Trong cơn hốt hoảng, cậu không thể kiểm soát được cảm xúc và quyết định sử dụng ống tiêm kỳ lạ mà cậu từng phát hiện trong một nghiên cứu của cha mình - một nhà khoa học đột phá tại Viện Nghiên cứu Siêu Nhân.
Bất ngờ, sau khi tiêm chất lỏng màu xanh lạ vào cơ thể, cảm giác khác thường lan tỏa khắp cơ thể Tokio. Mọi vật xung quanh dường như bắt đầu chậm lại, chỉ có cậu di chuyển với tốc độ ánh sáng. Trước mắt, tất cả những gì Tokio thấy chỉ là một loạt ánh sáng rực rỡ xen lẫn trong không gian và thời gian. Tư duy của cậu trở nên sắc bén hơn, nhận biết mọi chuyển động, mọi biến đổi xung quanh chỉ qua một cái nhìn.
Khoác lên mình dáng vẻ của một Siêu nhân mới, Tokio Kurobara bắt đầu hành động. Sự thật đằng sau vụ án mạng kia dần hé lộ, và câu chuyện của Siêu Nhân X mới chỉ vừa bắt đầu...