Trận chiến giữa Liên Minh Shinobi và Thập Nhị Hoàng Tộc đã đi đến đỉnh điểm gay gắt, ngọn lửa chiến tranh đang toả khắp nơi. Trong bóng đêm u tối, Yoshida, người được cho là không thể bị đánh bại, bỗng nhiên bộc lộ dung nhan đích thực của mình - một clone được tạo ra từ bóng tối bởi Thập Nhị Hoàng Tộc. Sức mạnh của Yoshida dường như không có giới hạn, khiến Liên Minh Shinobi dần chìm trong tuyệt vọng.
Nhưng lúc đó, một bóng hình xa lạ bất ngờ xuất hiện từ quá khứ - Kurohana, một nhân vật bí ẩn đến từ thời đại cổ xưa. Sở hữu khả năng xuyên thời gian, Kurohana đã bí mật theo dõi mọi diễn biến và lợi dụng cuộc đối đầu để tiếp cận Hoa thời gian. Sự xuất hiện của Kurohana là điều không ai ngờ tới, nhưng mọi thứ chỉ mới bắt đầu.
Khi bí mật được hé lộ, Liên Minh Shinobi và Thập Nhị Hoàng Tộc buộc phải tạm gác thù hận sang một bên, hợp tác để ngăn chặn âm mưu đen tối của Kurohana. Trong lòng mỗi chiến binh, tâm trạng hỗn độn, sự hiểu biết được mở rộng, và một liên kết không thể ngờ đã được tạo ra để cứu vãn thế giới khỏi sự hủy diệt. Willpower, nghị lực và lòng tin sẽ thắng lợi hay sự hoàn hảo sẽ biến mất vào bóng tối của lịch sử?
