Trong bức tranh hoàng hôn ửng đỏ bên cửa sổ phòng học, Kaneda ngẩn ngơ nhìn vào chiếc áo thể thao cũ đựng trên góc phòng. Mỗi sợi vải như thấm đẫm ký ức đau thương về Hiwako Shima, người bạn thân của cậu, người đã ra đi một cách đầy bí ẩn. Kaneda nhấn chặt hai bàn tay vào tim, cố gắng giữ cho suy tư không trôi vào vô thức. Đúng lúc đó, một hình dáng mờ nhạt của vầng trăng vô hình hiển hiện trước mặt cậu, như cố gắng nối lại những mảnh ghép ký ức đã mất.
"Đừng để bản thân mình phải đối mặt với nó một mình," một giọng nói lạ quen vang lên từ bóng tối, khiến Kaneda nổi da gà. Một cô gái trẻ ẩn hiện từ đỉnh cao của bức vẽ phía trên bàn học, ánh mắt sắc bén châm chọc. "Nếu muốn biết sự thật, hãy đuổi theo bóng tối đến tận cùng."
Dẫn dắt bởi hồn ma vô hình vạn biểu của Hiwako, Kaneda và cô gái kì lạ bắt đầu hành trình qua những đoạn ký ức vụ vị xám xịt và huyền bí. Những bí ẩn từ quá khứ dần dần hé lộ, vấn đề tưởng chừng không liên quan lại dần dần xen vào cuộc sống hiện tại. Sự thật cuối cùng liệu có là niềm hy vọng hay một lời nguyền định mệnh cho Kaneda và Hiwako?