Trong một buổi sáng tươi đẹp tại học viện Ninja, Rantarou và những người bạn thân thiết của mình, Kirimaru và Shinbee, vô tình phát hiện ra một bí mật kinh hoàng về ngôi trường này. Họ đã lỡ nhặt được một cuốn sổ đen, ghi chép về một âm mưu đen tối đang được smẻ ra trong bóng tối của học viện.
Quá bất ngờ và hoảng sợ, Rantarou cùng đồng đội quyết định khám phá sự thật đằng sau những trang sách đen ấy. Họ phải đối diện với những thử thách nguy hiểm, vượt qua bí ẩn mà người dân địa phương cảm thấy sợ hãi chỉ khi nhắc tới.
Trên con đường phiêu lưu đầy gian nan và khó khăn, tình bạn thân thiết giữa Rantarou, Kirimaru và Shinbee được thử thách đến giới hạn. Liệu họ có thể vượt qua mọi khó khăn, phá giải bí ẩn và bảo vệ ngôi trường của mình khỏi nguy cơ đe dọa? Hay mọi cố gắng của họ sẽ đi vào vô ích, khi mặt trái của học viện Ninja dần hé mở và lộ diện trong bóng tối?