Sau khi vượt qua hàng loạt thử thách và chinh phục nhiều dungeon khó khăn, Link cuối cùng đã đạt được mục tiêu: giải cứu Nayru khỏi sự thống trị của phù thủy ác Veran. Nhưng khi mọi việc đã sắp xong, một sự kiện bất ngờ đã xảy ra - Nayru không nhớ về bản thân mình hay về bất kỳ ai khác. Một lớp sương mờ phủ lấy tâm trí của cô, làm cho trí não của Nayru kết hợp thời gian hiện tại với quá khứ một cách mơ hồ.
Impa nhanh chóng nhận ra rằng Veran đã tạo ra một thời gian song song, nơi mà mọi sự kiện đều biến đổi và mối liên kết giữa quá khứ và hiện tại đang bị phá vỡ. Để giải cứu Nayru và trả lại thời gian về quỹ đạo ban đầu, Link phải vượt qua một thử thách không hề dễ dàng - trải qua những dungeon kỳ lạ mà đòi hỏi sự linh hoạt và tư duy sắc bén hơn bao giờ hết.
Trong khi thế giới Labrynna dần bị đảo lộn, từng mảnh ghép ký ức trở lại đúng vị trí của nó, Link phải đối diện với những tình huống nguy hiểm, những bí ẩn chưa được tiết lộ và những thử thách khó khăn hơn bao giờ hết. Liệu anh có thể vượt qua tất cả và đưa Nayru trở về với tâm trí hoàn chỉnh, trước khi thời gian tan biến và thế giới rơi vào bóng tối mãi mãi?
