Trong một ngày đẹp trời, trời xanh tỏa nắng, Misora tiếp tục lén lút trốn lớp, leo lên đồi cao nhìn xuống cả thị trấn nhỏ Amagi. Đây là thói quen lặp lại hàng ngày của cô, nơi mà cô thấy mình tự do, nhẹ nhõm hơn giữa biển mây trắng phủ lên bầu trời xanh thẳm. Nhưng lần này, khi Misora quay đầu, bóng tối đang dần bao phủ linh hồn cô, một cảm giác lạ lẫm len lỏi.
Trong khi đó, Kaito đã đến Amagi, bước chân vào ngôi trường mới và mang theo một bí mật lớn. Anh chàng ít nói, tâm hồn như một cuốn sách khóa kín, không ai có thể đọc được. Mỗi người trong trường đều nhìn anh bằng ánh mắt lạ lẫm, tạo nên khoảng cách vô hình xung quanh Kaito.
Cuộc gặp gỡ giữa Misora và Kaito diễn ra bất ngờ, những tâm hồn cô đơn giữa đám đông dần chạm chán với nhau. Không cần lời nói, họ hiểu rằng đằng sau vẻ lạnh lùng là những vết thương sâu kín. Misora và Kaito giống như hai viên hòa thạch, không thể cách ly được, dần nối liền bởi sợi chỉ tinh tế của tình bạn và sự thấu hiểu.
Những rắc rối, thử thách không ngừng đẩy họ vào vực sâu của tuyệt vọng. Mỗi bước tiến về phía trước như một thách thức đối với tâm hồn rối loạn, nhưng Misora và Kaito không chịu từ bỏ. Họ cùng nhau vượt qua, từng bước một, bí mật dần được gỡ bỏ, lòng tin dần được xây dựng.
Trong tiếng gió se lạnh, giữa hàng cây xanh rợp bóng, Misora và Kaito thề sẽ cùng nhau chiến đấu, vượt qua mọi khó khăn, tìm ra ánh sáng cho cả hai tâm hồn rồi chắp cánh bay cao, giữa bầu trời xanh ngút ngàn.