Truyện tranh Infinite Stratos: Black Bunny-white Bitter xoay quanh cuộc sống học đường đầy sôi động của những học sinh tài năng tại Học viện IS. Trong một buổi tập dượt IS, nhóm bạn gồm Ren, Sakura, Kai, Yuki và Haru bất ngờ phát hiện một phiên bản IS cổ xưa đầy bí ẩn được giấu kín trong một góc chợp trời. Không thể kiềm chế sự tò mò, họ quyết định khám phá IS bí ẩn này.
Khi kích hoạt IS, họ đã nhận ra rằng nó không chỉ mạnh mẽ hơn bất kỳ loại IS nào họ từng thấy, mà còn có khả năng hoạt động tự do mà không cần người điều khiển. Tuy nhiên, sức mạnh của IS này cũng đồng nghĩa với nguy cơ lớn nếu rơi vào tay những kẻ xấu xa.
Để bảo vệ cộng đồng và ngăn chặn sự lạm dụng sức mạnh của IS, nhóm bạn quyết định hợp tác và luyện tập mạnh mẽ hơn để trở thành những Hiệp sĩ IS thực thụ. Từ đó, cuộc hành trình đầy thử thách và khó khăn của họ bắt đầu, với những pha hành động mãn nhãn, tình bạn chân thành và tình yêu nảy nở giữa những tình huống nguy hiểm.
