Truyện tranh "Hệ Thống Khoa Học Kỹ Thuật Đen Tối Của Học Bá" xoay quanh chàng học sinh tên là Kaito - một thiên tài toán học với trí tuệ vượt trội. Cuộc sống của Kaito dường như hoàn hảo khi anh không chỉ xuất sắc trong học tập mà còn có một gia đình yêu thương. Tuy nhiên, mọi thứ bắt đầu thay đổi khi Kaito vô tình phát hiện ra một cuốn sách cổ bí ẩn tại thư viện trường học.
Cuốn sách là chỉ dẫn cho một hệ thống khoa học kỹ thuật đen tối, mang đến cho Kaito những khả năng siêu nhiên và sức mạnh chưa từng thấy. Nhưng điều đáng sợ không phải là hệ thống này, mà là bí ẩn đằng sau nó. Khi sử dụng hệ thống, Kaito nhận ra rằng mình không đơn giản là người sử dụng nó, mà có người đang kiểm soát từ xa mọi hành động của anh.
Vào một ngày, khi phải đối diện với một thách thức đầy nguy hiểm từ một học sinh khác, Kaito phát hiện ra rằng đối thủ này cũng có một hệ thống tương tự và người đứng sau là ai, ai đang kiểm soát họ? Sự thật về cuốn sách bí ẩn và nguồn gốc của hệ thống kỳ bí này bắt đầu được hé lộ, khiến cuộc sống của Kaito bước vào một vòng xoáy kỳ bí đầy thử thách và nguy hiểm. Liệu Kaito có thể vượt qua mọi khó khăn, khám phá sự thật và giải thoát cho bản thân và những người khác?
