Trên bề mặt, cậu học sinh Takeru Seaki tựa như một cánh bướm mong manh, vẫn chưa biết rằng sự xuất hiện của anh đã xoay chuyển cuộc đời cho cả lớp 3E. Không ai ngờ rằng chính anh, người mới đến, sẽ cùng người thầy tự xưng là 'nhà tư vấn giáo dục' bới ra một cuộc 'Hammer Session' không ai dám mơ tưởng.
Dần dần, những học sinh từng gây rối và thất bại trong học tập bắt đầu thay đổi. Từ con dao hai lưỡi, học sinh Riku, người luôn tự tin với đám bạn làm theo, bất ngờ phát hiện rằng sự thông minh không phải là tất cả. Và cậu học sinh Hiromi, vốn luôn tự ti với kết quả học tập kém cỏi, ngày càng phát hiện ra bản thân có khả năng vượt lên trên bản thân.
Nhưng mọi thứ không hề êm đềm như họ tưởng. Một âm mưu hành động giấu kín dần hé lộ, khiến cả lớp 3E đối diện với nguy cơ tan rã. Liệu Takeru và 'nhà tư vấn giáo dục' có thể đối phó với thách thức này? Họ sẽ làm thế nào để bảo vệ những học sinh đã dần thay đổi, học được cách tin tưởng và cùng nhau vượt qua?
Với sự phức tạp trong tâm lý nhân vật, sự vươn lên từ những người không có hy vọng đến việc không ngừng cố gắng, Hammer Session! in High School không chỉ là câu chuyện về giáo dục mà còn chính là câu chuyện về niềm tin và khả năng vươn lên từ bất kỳ hoàn cảnh nào.