Một cơn mưa phủ kín bầu trời, làm cho cả thế giới trở nên ảm đạm hơn bao giờ hết. Trong bóng tối của một ngôi viện nghiên cứu bỏ hoang, cô bé Rin và cậu bé Ken, hai sinh linh may mắn cứng đầu, đang dần nảy nở trong sự im lặng của cuộc sống cô đơn. Sức mạnh miễn dịch của họ, như một loài virus, trỗi dậy và thách thức cả vận mệnh loài người.
Thế nhưng, không bao giờ có sự yên bình nào trong thời kỳ hỗn loạn này. Khi ánh sáng bị tắt đi, âm thanh của sự hủy diệt bắt đầu vang vọng từ xa. Những hình bóng lạ mặt, cùng với biểu tượng Propater, bỗng xuất hiện giữa bóng tối. Kẻ thù không còn là trận dịch, mà là bóng tối đen kịt ẩn sau nụ cười nguy hiểm.
Rin và Ken, bằng tâm hồn chưa chịu biến đổi từ thế giới bên ngoài, buộc phải đối mặt với một thử thách mới. Họ phải lựa chọn giữa sử dụng sức mạnh của mình để bảo vệ, hay để phá hủy những gì đã được tạo ra từ năm tháng bao la. Sự tin tưởng và sự phản bội, tình yêu và sợ hãi, tất cả những cảm xúc đan xen đầy ắp nơi họ, đẩy họ vào một vòng xoáy tâm lý khó lường.