Vào một buổi sáng rực rỡ, khi ánh nắng ban mai chiếu sáng khắp vùng đất Digi World, hàng ngàn Digimon đang hăng hái tập trung tại Trung tâm D-Town. Từ xa, ba Holy Knights - Omega dũng mãnh, Duke dũng cảm và Magna huyền diệu - đang tỏ ra lo lắng hơn bao giờ hết.
Họ đều cảm nhận được sự biến chuyển lớn sắp xảy ra. Một lực lượng tăm tối đang hình thành từ sự biến đổi kỳ lạ của Digi Core, hồn ma của Digimon độc ác đã bị niêm phong 10.000 năm trước. Và điều này chỉ có nghĩa là một điều - mối nguy hại hơn cả sự tưởng tượng đang tồn tại.
Trái tim của D-Town bị rung động khi một cơn bão điều khiển bắt đầu quét qua, mang theo những vũ khí hủy diệt tàn độc và chỉ hướng về phía họ. Trước sự đe dọa đang lan rộ rất nhanh, ba Holy Knights quyết định hợp sức để chống lại thế lực tăm tối đang âm mưu hủy diệt mọi thứ.
Omega, Duke và Magna đứng chắc tay nhau, sẵn sàng đối đầu với mọi thử thách. Trái tim nồng nhiệt của họ bùng cháy trong khát vọng bảo vệ Digi World khỏi sự hủy diệt. Cuộc chiến sắp bắt đầu, không chỉ là cuộc chiến của ba Holy Knights, mà còn là cuộc đấu tranh của toàn bộ thế giới Digimon.