Trong Counter Cube, nhân vật chính là một người trẻ tuổi tên Kaito, người đã khám phá ra khả năng hiếm hoi của mình là có thể nhập vào giấc mơ của người khác. Tuy nhiên, điều đó không chỉ mang lại cho Kaito sức mạnh mà còn đem đến cho anh ta những thách thức đầy nguy hiểm. Một ngày, khi chìm vào giấc mộng của một cô gái bí ẩn, Kaito phát hiện ra rằng cô đang bị mắc kẹt trong vũ trụ của Counter Cube - một thế giới trong mơ được tạo ra từ sức mạnh của tâm trí con người.
Với quyết tâm giúp đỡ cô gái, Kaito đã bước vào Counter Cube và khám phá ra rằng cô gái không phải là người duy nhất đang chịu đựng nẻo đau khổ đó. Một tổ chức tà ác đang lợi dụng sức mạnh của giấc mơ để đe dọa thế giới thực, và chỉ có Kaito mới có thể ngăn chặn âm mưu tăm tối ấy. Với sự giúp đỡ của các đồng đội mới, Kaito bắt đầu hành trình chiến đấu chống lại bọn thù, đồng thời khám phá ra bí mật đằng sau sức mạnh đặc biệt của mình và thế giới Counter Cube.