Trong trường trung học Teitan, cậu học sinh trung bình Conan Edogawa không ngờ rằng năm học mới sẽ là một thách thức khó khăn đặt ra trước mắt. Một ngày, khi trên đường đến trường, anh phát hiện một cuốn sổ tay bí ẩn bị vứt bỏ trên đường. Điều đáng chú ý là mỗi khi viết vào cuốn sổ tay, những vụ án khó hiểu xảy ra trong trường và Conan trở thành người duy nhất có khả năng giải quyết chúng.
Vụ án mới nhất xoay quanh việc cô giáo bí ẩn Hanae bị tấn công trong phòng giáo viên một cách bí ẩn. Conan cùng với nhóm bạn thân Ayumi, Mitsuhiko và Genta nhanh chóng bắt tay vào điều tra. Họ phát hiện ra rằng Hanae không phải người thật sự mà thực chất là một thiên tài giáo sư danh tiếng bị thay thế trong một âm mưu đen tối.
Dần dần, Conan và nhóm bạn tiến rõ vào vũng bùn của những bí ẩn tăm tối, tình cờ phát hiện một hồ sơ mật chứa đựng những bí mật kinh hoàng của nhà trường và các thế lực đen tối. Liệu Conan có thể giải mã được bí ẩn, bảo vệ trường Teitan khỏi nguy cơ đe dọa, hay câu chuyện này sẽ kết thúc một cách hết sức tai hại?