Trên con đường tối tăm của Neo Tokyo, ánh đèn đèn neon lung linh nhấp nhô, tạo nên bức tranh hiện đại nhưng cũng u ám của thành phố. Hiro, chàng trai trẻ mồ côi từ nhỏ, luôn phải chiến đấu để sinh tồn, đã không ngờ rằng một ngày, số phận của anh sẽ đổi khác hoàn toàn.
Khi đang bị truy đuổi bởi bọn tội phạm nguy hiểm, Hiro vô tình lạc vào trụ sở bí mật của tổ chức Code: Nostra. Bất ngờ hơn nữa, Anh phát hiện ra rằng mình sở hữu khả năng đặc biệt mà tổ chức này cần - khả năng đọc được ý đồ của người khác.
Dưới sự dẫn dắt của The Oracle, Hiro bắt đầu hành trình chinh phục thử thách mới. Nhưng điều anh không ngờ đến là bên trong Code: Nostra chứa đựng những bí mật tăm tối, những nỗi đau chưa từng được tiết lộ. Mỗi thành viên trong tổ chức đều mang trên mình một khuyết điểm, và ranh giới giữa thiện và ác bị mờ nhạt khi Hiro phải đối diện với những vấn đề đạo đức và trò chơi chính trị phức tạp.
Trong cuộc hành trình đầy kịch tính và đau lòng, Hiro tìm thấy sự đồng minh đáng tin cậy trong Cipher, Guardian kiên cường và Tempest nồng nhiệt. Cùng nhau, họ đối mặt với những kẻ thù đáng sợ và phơi bày sự thật đằng sau mục tiêu cuối cùng của Code: Nostra.
Tuy nhiên, khi Hiro khám phá ra bí ẩn của tổ chức, anh nhận ra rằng mục đích thực sự của Code: Nostra không hề đơn giản như anh từng nghĩ. Với sự giúp đỡ từ đồng minh mới, Hiro phải quyết định liệu có đứng lên chống lại Code: Nostra hay ôm lấy di sản đen tối của tổ chức...