Trong bức thư cuối cùng mà Nanasawa Io nhận được từ cha mẹ trước cái chết của họ, có một lời tiên tri kỳ bí: "Chronos DEEP - thời gian sẽ không bao giờ là vật chất." Câu chuyện về Người Giữ Thời Gian đã được truyền từ đời này sang đời khác, nhưng không ai ngờ rằng Io lại có thể là chìa khóa mở cánh cửa của Chronos DEEP. Khi những cái bóng kỳ lạ bắt đầu xuất hiện, trường học của Io trở nên lạ lùng hơn bao giờ hết.
Nhóm Titan - những người được coi là bảo vệ cuối cùng của thế giới, bắt đầu theo dõi Io với mục đích ban đầu là giữ an toàn cho mọi người. Nhưng khi họ dần khám phá ra sự thật về nguồn gốc của Ionasawa Io, họ bắt đầu hoài nghi về chính mình. Io không phải là kẻ ác, mà chính anh là chìa khóa cho một cánh cửa thời gian mà bất kỳ ai cũng không thể lường trước được.
Những bí mật về Chronos DEEP bắt đầu được hé lộ, khiến cho mỗi thành viên trong nhóm Titan phải đối diện với quá khứ đau buồn của bản thân và quyết định giữa trách nhiệm và lòng trung thành. Trận chiến cuối cùng giữa Io và Kagetsuki liệu có đem lại sự công bằng cho thế giới hay chỉ là sự tan rã, khi đồng hồ của Chronos DEEP bắt đầu đếm ngược...