Trong bức tường căn phòng nhỏ, ánh đèn mờ nhạt phản chiếu trên màn hình laptop, góc phòng trở nên yên bình, những dòng mã lập trình hiện ra trên màn hình, thể hiện sự khôn ngoan và sắc bén tột độ của Kazaoka Ki - cậu học sinh lớp 10 với bộ não vi phân tử đặc biệt. Anh chập chững bước vào căn phòng, ánh mắt sắc bén, đôi môi nhếch lên một nụ cười khôn ngoan. Một vụ án mới bí ẩn mà cảnh sát thất bại đã gửi cho cậu, vụ án kỳ lạ xoay quanh cái chết của một doanh nhân nổi tiếng. Ki nhấn enter, các thông tin xuất hiện trong nháy mắt, anh nhận ra dấu vết vô cùng kỳ quái.
Trong khi đó, tại trụ sở cảnh sát, thì cố điều tra Yamashiro Aika, người được giao nhiệm vụ giám sát Ki, cũng vừa phát hiện ra một sự liên kết quan trọng, giữa vụ án hiện tại với một vụ án mà cô từng điều tra trước đây. Cả hai bất ngờ khi nhận ra rằng họ đều đang giải quyết một mẩu chuyển liên quan đến một vị tướng lĩnh của một tổ chức bí ẩn.
Dần dần, những sợ tư, bí mật bị che giấu từ lâu, đều bắt đầu hé lộ. Sự thật ẩn sau những vụ án không chỉ là về sự mất mát một cá nhân, mà còn là về một kế hoạch to lớn cùng những bí mật chôn sâu. Kazaoka Ki và Yamashiro Aika sẽ đối mặt với những thử thách mới, không chỉ là giải mã các manh mối, mà còn là chiến đấu với thời gian để ngăn chặn một thảm họa đang ập đến.
