Trên bầu trời u ám của "Threshold", cơn gió lạnh buốt thổi qua những ngọn cây cô độc đang run rẩy. Black Rock Shooter, nữ chiến binh bí ẩn với vũ khí nguyên thủy trong tay, bước qua bức tường hư không, sẵn sàng đối mặt với những linh hồn tội lỗi hung ác. Những ánh mắt u ám đỏ rực của họ dần hiện lên, phản chiếu sự tuyệt vọng và hận thù không lối thoát.
Trong lúc chiến đấu ác liệt, Black Rock Shooter bỗng chợt nhận ra một linh hồn đặc biệt, một cô gái trẻ trung tinh khôi, tay nắm chặt một bông hoa hồng đỏ rực. Đôi mắt trong veo của cô phản ánh ánh sáng hy vọng giữa cơn địa ngục đầy tội lỗi. Black Rock Shooter không thể hiểu tại sao cô gái này lại hiện diện ở nơi này, trong thế giới chiến tranh khốc liệt này.
Chợt, một sự thật đau lòng được phơi bày: cô gái trẻ không phải là linh hồn tội lỗi mà chính Black Rock Shooter – người đã cầm vũ khí sẵn sàng tiêu diệt hồn tội của cô. Sự dằn vặt và hối hận tràn ngập trong tâm hồn nữ chiến binh. Liệu Black Rock Shooter có thể chấp nhận lời tha thứ từ linh hồn mình đã định mệnh tiêu diệt hay không? Câu trả lời sẽ là khoảnh khắc định mệnh của họ, và cũng là điểm sáng cuối cùng giữa bóng tối u tối của "Threshold".
