Trên bờ biển xanh trong những ánh nắng mặt trời sôi động, Takumi Aono đứng đầy nhiệt huyết, ánh mắt đong đầy quyết tâm nhìn xuống biển khơi bao la. Đó không chỉ là sân khấu, mà còn là ước mơ cuộc đời anh - trở thành một vận động viên bơi lội vĩ đại! Dù mọi người xung quanh cho rằng mục tiêu đó quá khó khăn, Takumi không bao giờ từ bỏ. Tập luyện, nỗ lực, và kiên trì.
Cho đến một ngày, khi một người đàn ông bí ẩn xuất hiện. Ông ta tự giới thiệu mình là giám sát viên của một tổ chức thể thao danh tiếng, và đang tìm kiếm tài năng như Takumi. Sự xuất hiện đầy bí ẩn của người đàn ông kia kéo Takumi vào một cuộc phiêu lưu mới, nơi mọi thứ dường như không như những gì anh từng nghĩ đến.
Từ đó, Takumi bắt đầu khám phá bí mật ẩn sau học viện bơi lội danh tiếng này. Cùng với nhóm bạn đồng đội đầy màu sắc, họ sẽ đối mặt với những thử thách, phát triển từng ngày và dần khám phá ra bản thân thông qua những trận đấu, khoa học, và những tình bạn mới. Và cuối cùng, họ sẽ tìm ra rằng, thật ra Best Blue không chỉ là một đường đua, mà còn là con đường tri thức và trưởng thành mà họ sẽ luôn nhớ suốt đời.